從隋唐時期的「咒禁」科，兩宋時期的「書禁」科，到元明時期的「祝由」科，這種帶有宗教色彩的咒術療法，在官方醫學中傳衍一千年左右，卻在明穆宗隆慶五年(1571)被廢，而且，從此之後「祝由」始終不見恢復設科，其中緣由，不得不探。針對廢除祝由科此事，絕大多數的中國醫學史論著，或是避而不談，或是將時間斷定為清代，或是含混其詞。但也有人認為廢科的「遠因」為祝由醫療「與正統醫學長期衝突」，可惜的是，此說舉證太少，流於臆測。因此，本文便以傳統文獻為核心史料，歸納各種論述，依時代先後，敘述「醫學社群」對於「祝由」療法的評價與態度，據以探討其意見是否真的影響祝由科的廢除。根據本文的探討來看，由於有《黃帝內經》的權威性依據，加上若干傑出醫者的發揮與倡導，從祝由科被納入官方醫學體系起一直到被廢除，千年之間，醫學社群內部的醫者及其外圍的士人，不斷發表頌揚、肯定的言論，並進行療效和治療機制的論述。其次，透過教科書的編纂和醫學教育，官方也不斷培育出祝由科醫師，提供病者的醫療需求。此外，即使在廢科之後，三百多年間，表達肯定、支持祝由科的醫者和士人仍然不絕如縷。少數嚴厲批判與拒斥祝由科的言論，都只見於廢科之後，其餘抱持模稜兩可者，其時代也大多在晚明及清代，而且，都是以士人的意見為主。總之，中國傳統醫學社群對於祝由科的主流意見，基本上是肯定與支持，因此，祝由科的廢除不能歸因於「與正統醫學長期衝突」。